Como muchas otras legiones, el origen de la Legio IX Hispana (emblema: toro; signo de nacimiento: Capricornio) no está claro. César contaba con una novena legión mientras hacía campaña en la Galia, pero fue disuelta hacia el año 45 a.C. Más tarde, Octavio fundó una legión con veteranos de la antigua Novena. Esta nueva legión puede haber servido con él en Macedonia en la batalla de Filipos en el 42 a.C., ganando el título de Macedónica. La Legio IX Hispana hizo campaña con Augusto en las guerras cántabras, ganándose el título de Hispaniensis (estacionada en España), que más tarde se modificó a Hispana (española). Tras un breve periodo en España, la legión fue trasladada a los Balcanes y, en el año 14 de la era cristiana, se encontraba en Panonia, donde, junto con otras legiones, se amotinó en protesta por las malas condiciones. Seis años más tarde, la legión fue enviada a África, donde luchó contra los rebeldes númidas junto a la III Augusta, y regresó a Panonia en el año 22.
En el 42, la Novena acompañó al gobernador de Panonia, Aulo Plaucio, en la invasión de Britania, cruzando el canal en el 43. Poco se sabe de sus dos primeras décadas en Gran Bretaña, pero en el año 61, la legión al mando de Petillius Cerialis se enfrentó a los rebeldes de Boudica. Aunque Cerialis y parte de la caballería escaparon, la infantería fue derrotada. Cohortes de la XXI Rapax sustituyeron a los legionarios perdidos.
Durante el Año de los Cuatro Emperadores, cohortes de la Novena apoyaron a Vitelio, sirviendo con él en su marcha hacia Roma y en la segunda batalla de Bedriacum. En el año 71, Cerialis regresó a Britania como gobernador, donde hizo campaña contra los brigantes. Cuando Cerialis fue sustituido por Agrícola, la Novena acompañó al nuevo gobernador en sus campañas en Escocia (77-84 d.C.), donde la legión fue atacada y derrotada por tribus caledonias. El historiador Tácito escribió sobre la derrota de la legión a manos de los caledonios:
«…. cambiaron repentinamente sus planes, y con toda su fuerza atacaron de noche a la novena legión, por ser la más débil, y derribando a los centinelas, que estaban dormidos o presas del pánico, irrumpieron en el campamento. (692)»
Cohortes de la Novena, junto con otras legiones, hicieron campaña bajo el mando de Lucio Aeliano contra los Chatti, y en el año 83 CE, bajo el mando de Cayo Rufo lucharon en las Guerras Dácicas. Los años siguientes no están claros para la legión. Es posible que fuera destruida en el año 119 de la era cristiana o más tarde, posiblemente durante la revuelta judía de 131-135 de la era cristiana. El historiador Duncan Campbell afirma que la legión fue destruida en Armenia en el año 161.
